Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) et le Crédit d’Impôt Innovation (CII) représentent les dispositifs fiscaux les plus généreux du système français pour les entreprises qui investissent dans la R&D et l’innovation : 30 % des dépenses éligibles jusqu’à 100 millions d’euros pour le CIR, 30 % des dépenses d’innovation pour les PME au titre du CII. Mais ces crédits d’impôt sont aussi parmi les plus contrôlés : la DGFiP peut vérifier leur bien-fondé jusqu’à 6 ans après leur déclaration (prescription spécifique), en s’appuyant sur une expertise technique du Ministère chargé de la Recherche. La solidité du dossier technique — et non seulement du dossier comptable — conditionne le maintien du crédit d’impôt en cas de contrôle.
L’article en bref
- Le CIR couvre les dépenses de recherche fondamentale, recherche appliquée et développement expérimental (définition internationale OSC Frascati).
- L’éligibilité d’un projet repose sur la démonstration du franchissement d’une incertitude scientifique ou technologique non résolue par l’état de l’art.
- La feuille de temps des chercheurs et ingénieurs participant aux projets constitue la pièce justificative centrale : elle doit être signée par le responsable hiérarchique et le chercheur.
- Le rescrit CIR (procédure de prise de position anticipée de la DGFiP) permet de confirmer l’éligibilité d’un projet avant sa déclaration.
- Les sous-traitances CIR ne sont éligibles qu’auprès d’organismes agréés par le Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche.
Critères d’éligibilité : la définition de la recherche et développement
La définition des activités de R&D éligibles au CIR repose sur le Manuel de Frascati de l’OCDE, repris par l’article 244 quater B du CGI. Pour être éligible, une activité doit satisfaire aux cinq critères cumulatifs suivants :
- Nouveauté : les travaux visent à acquérir de nouvelles connaissances.
- Créativité : les travaux sont fondés sur des concepts et hypothèses originaux.
- Incertitude : le résultat final des travaux n’est pas connu à l’avance.
- Systématisme : les travaux sont planifiés, budgétés et documentés.
- Transférabilité : les résultats sont susceptibles d’être reproduits et transmis.
Le critère d’incertitude scientifique ou technologique est celui sur lequel portent la plupart des remises en cause lors des contrôles. L’entreprise doit démontrer que les difficultés rencontrées ne pouvaient pas être résolues par application de techniques ou de connaissances existantes, c’est-à-dire que l’état de l’art au moment du démarrage des travaux ne permettait pas de prédire la solution.
La notion d’état de l’art : comment la documenter
L’état de l’art désigne l’ensemble des connaissances techniques et scientifiques disponibles dans le domaine concerné au moment où les travaux débutent. Sa documentation impose :
- Une revue de littérature scientifique : articles publiés dans des revues à comité de lecture (IEEE, Nature, CNRS, etc.), brevets déposés dans le domaine (base de données Espacenet de l’OEB), publications d’universités et centres de recherche.
- Une revue des solutions commerciales existantes : produits concurrents disponibles sur le marché, leurs limitations techniques documentées, les raisons pour lesquelles ces solutions ne permettent pas de répondre à la problématique identifiée.
- Un rapport d’état de l’art interne, daté et signé par le responsable technique du projet, exposant les lacunes identifiées dans les connaissances disponibles et justifiant la nécessité des travaux de recherche.
La parole de l’expert
L’expert du Ministère de la Recherche mandaté par la DGFiP lors d’un contrôle CIR procède à une expertise technique indépendante du dossier. Son rapport peut conclure à la non-éligibilité de tout ou partie des projets déclarés. Cette expertise est notifiée à l’entreprise, qui dispose d’un droit de réponse. La jurisprudence administrative (CAA Paris, 28 juin 2021, n° 19PA02578) a rappelé que l’entreprise peut contester les conclusions de l’expert du Ministère en produisant des contre-expertises techniques d’experts reconnus (universitaires, ingénieurs certifiés). Un dossier CIR solide doit donc intégrer, dès la phase de constitution, des rapports techniques rédigés par des experts internes qualifiés (docteurs, ingénieurs avec expériences de recherche documentées) dont les compétences sont elles-mêmes justifiées par leurs CV et publications.
La feuille de temps : pièce justificative incontournable
La feuille de temps (ou relevé d’activité) permet d’affecter le temps de travail des chercheurs et techniciens de recherche aux différents projets CIR. C’est la pièce maîtresse de la justification des dépenses de personnel, qui représentent généralement 60 à 80 % des dépenses CIR d’une entreprise de services ou de logiciel.
Les exigences minimales d’une feuille de temps opposable à l’administration sont :
- Granularité suffisante : par journée ou demi-journée travaillée, avec identification du projet CIR ou du projet non éligible (commercial, maintenance, etc.).
- Double signature : du chercheur ou ingénieur concerné et de son responsable hiérarchique direct.
- Contemporanéité : les feuilles de temps doivent être renseignées au fil de l’eau (hebdomadairement ou mensuellement), pas reconstituées à rebours en fin d’exercice.
- Conservation : archivées pendant au minimum 10 ans (délai de prescription allongée du CIR).
Dépenses éligibles et leur justification
Les principales catégories de dépenses éligibles au CIR sont définies à l’article 244 quater B, II du CGI :
| Catégorie | Éligibilité | Justificatif principal |
|---|---|---|
| Salaires et charges des chercheurs et techniciens de recherche | 100 % pour les chercheurs affectés à la R&D | Feuilles de temps, fiches de paie, contrats de travail |
| Dotations aux amortissements des immobilisations | Prorata d’utilisation R&D | Tableau d’amortissement, registre d’utilisation |
| Dépenses de fonctionnement (forfait) | 75 % des salaires des chercheurs | Calculées automatiquement sur la base des salaires éligibles |
| Sous-traitances à des organismes agréés | 100 % (dans une limite globale) | Convention de sous-traitance, rapport de recherche de l’organisme agréé |
| Dépenses de veille technologique | Plafonnées à 60 000 € par an | Factures d’abonnement à des bases de données scientifiques |
Le rescrit CIR : anticiper l’éligibilité
La procédure de rescrit CIR, prévue à l’article L. 80 B, 3° du Livre des Procédures Fiscales, permet à une entreprise de soumettre une description de ses projets de recherche à la DGFiP (et au Ministère de la Recherche pour l’aspect scientifique) pour obtenir une prise de position formelle sur leur éligibilité. Cette prise de position est opposable à l’administration : si le rescrit valide l’éligibilité du projet, un contrôle ultérieur ne peut remettre en cause cette qualification, sauf si les travaux réels diffèrent substantiellement de la description soumise.
Le rescrit CIR est particulièrement recommandé pour les entreprises qui déclarent un CIR pour la première fois ou qui engagent des dépenses CIR significatives sur un projet innovant dont l’éligibilité présente des zones grises.
Pour aller plus loin — Cet article relève de notre expertise expert-comptable création d’entreprise. À lire aussi : Creer une entreprise guide pratique pour les entrepreneurs a paris, Creer une holding avantages et etapes pour structurer vos activites.
