Secteur 1 ou secteur 2 : les conséquences comptables pour un médecin

Contenu vérifié le 8 octobre 2026.

Le secteur commande trois choses dans la comptabilité d’un cabinet médical : le régime d’assurance maladie dont vous relevez, l’existence ou non d’une participation de la Cpam à vos cotisations, et l’accès à des déductions que la doctrine fiscale réserve au secteur 1. Il ne modifie ni votre catégorie d’imposition, ni votre assiette sociale. Le choix se fait à la première installation et se défait très mal ensuite : il se prépare avec un comptable autant qu’avec votre caisse.

En bref

• Trois positions : secteur 1, secteur 2 dit à honoraires différents, secteur 3 hors convention (ameli.fr, 17 mars 2026).
• En secteur 1, la Cpam prend en charge une partie des cotisations d’assurance maladie et d’allocations familiales, uniquement sur l’activité conventionnée nette de dépassements (Urssaf).
• Pour le secteur 2, la page Urssaf dédiée écrit qu’il n’y a pas de prise en charge ; ameli.fr évoque « une forme de participation » pour les adhérents à l’Optam, sans en préciser le périmètre. Les deux sources ne se recoupent pas.
• Les assouplissements du BOI-BNC-SECT-40 — déductions de 2 %, du groupe III et complémentaire de 3 % — sont réservés au secteur I.
• En secteur 2, le régime social se choisit entre PAMC et travailleurs indépendants ; le Conseil national de l’Ordre situe cette option à la première installation.
• Une fois conventionné en secteur 1, l’accès au secteur 2 est fermé : ameli.fr qualifie ce choix de définitif et irrévocable.

Ce que le secteur change dans vos comptes, et ce qu’il ne change pas

Un médecin qui prépare son installation reçoit deux discours parallèles. Sa caisse lui parle de tarifs et d’engagements, son entourage de revenu net. Personne ne lui dit que la case cochée dans son dossier commandera, pour toute sa carrière libérale, la façon dont son cabinet est tenu.

Trois effets se produisent dans les comptes.

Le régime d’assurance maladie. En secteur 1, vous relevez du régime des praticiens et auxiliaires médicaux conventionnés, le PAMC. L’Urssaf y range le médecin appliquant le tarif conventionnel en secteur 1, le médecin à honoraires libres remplissant les conditions fixées par la Cpam en secteur 2, ainsi que les chirurgiens-dentistes, sages-femmes et auxiliaires médicaux, toujours pour une activité non salariée exercée sous convention.

La participation de la Cpam à vos cotisations. Elle existe en secteur 1 et son assiette est étroite. C’est le point qui pèse le plus sur la tenue du cabinet ; il est développé plus bas.

Les déductions fiscales ouvertes. La doctrine accorde aux médecins conventionnés des modalités particulières de détermination du résultat, et le BOFiP en délimite l’accès sans détour : « Ces avantages sont uniquement réservés aux médecins conventionnés du secteur I. » Le secteur II relève du droit commun. C’est là, plus que dans le montant des honoraires, que se joue le travail d’un expert-comptable pour médecin à Paris.

Trois choses que le secteur ne change pas

Votre activité reste imposée dans la catégorie des bénéfices non commerciaux (BNC). Le choix entre micro-BNC et déclaration contrôlée obéit à ses propres règles, traitées dans notre comparatif micro-BNC ou BNC contrôlé, même si le secteur pèse sur l’arbitrage, on le verra.

Votre assiette sociale ne dépend pas davantage du secteur. La réforme de l’assiette des travailleurs indépendants institue une base unique pour les cotisations sociales et la CSG-CRDS, égale au revenu brut abattu de 26 %. L’Urssaf la fait jouer à compter de la régularisation des cotisations 2025, soit à partir d’avril 2026, pour les praticiens et auxiliaires médicaux.

Enfin, le statut d’auto-entrepreneur reste fermé dans tous les cas : un praticien ou auxiliaire médical ne peut pas être auto-entrepreneur.

Le tableau des conséquences comptables et sociales par secteur

Ce tableau croise deux ordres de règles rarement rapprochés : celles de l’Assurance maladie et de l’Urssaf, et la doctrine fiscale du BOFiP. Il ne contient volontairement aucun tarif d’acte et aucun taux de prise en charge : ces éléments relèvent de votre caisse.

Ce que votre cabinet doit savoir	Secteur 1	Secteur 2	Secteur 3 (hors convention)
Régime d’assurance maladie	PAMC	PAMC ou travailleurs indépendants, au choix	Le PAMC suppose un exercice conventionné ; non documenté ici
Participation de la Cpam aux cotisations	Oui : assurance maladie et allocations familiales	Non selon la page Urssaf dédiée ; voir la réserve Optam	Aucun avantage conventionnel
Assiette de cette participation	Activité conventionnée nette de dépassements	Sans objet	Sans objet
Déduction forfaitaire de 2 %	Ouverte, sous déclaration contrôlée	Fermée	Hors doctrine
Déductions groupe III et complémentaire de 3 %	Ouvertes, sous déclaration contrôlée	Fermées	Hors doctrine
Document journalier allégé en micro-BNC	Admis pour la seule part conventionnée	Non	Non
Revenus hors assiette de participation	Assurance maladie calculée à part sur le reste du revenu	Contribution additionnelle sur dépassements et revenus non conventionnés	Sans objet
Réversibilité	Définitive : pas de retour au secteur 2	Passage au secteur 1 possible, puis irréversible	Adhésion à demander à la Cpam

Deux lignes méritent une lecture attentive. L’assiette, parce qu’elle impose un travail comptable dont personne ne parle. La réversibilité, parce qu’elle transforme une formalité d’installation en décision patrimoniale.

Côté cotisations : ce que la participation de la Cpam impose à votre comptabilité

En secteur 1, l’Urssaf écrit que la Cpam prend en charge une partie de vos cotisations d’assurance maladie et d’allocations familiales, et que cette prise en charge « porte uniquement sur vos revenus tirés de l’activité conventionnée nets de dépassements d’honoraires ».

Le mot important est « uniquement ». La base se calcule à partir du revenu de l’activité conventionnée, corrigé du rapport entre les honoraires hors dépassements et le total des honoraires. Plus la part de vos recettes qui échappe au cadre conventionnel augmente, plus l’avantage se réduit, mécaniquement, sans décision de votre part.

Votre comptabilité doit savoir séparer trois flux

Un cabinet qui enregistre ses honoraires en une seule masse ne peut pas contrôler ce que la caisse retient. Trois catégories se distinguent dès la première écriture : honoraires conventionnés hors dépassements, dépassements, revenus hors champ conventionnel (vacations, expertises, activités exercées dans certaines structures de soins).

Cette séparation sert deux fois : elle permet de rapprocher votre comptabilité du relevé SNIR adressé par la Cpam, et elle isole les revenus auxquels l’Urssaf applique un traitement distinct, dépassements et revenus non conventionnés. Le sujet prolonge celui de que déclarer à l’Urssaf quand on est médecin libéral : ici, la ventilation ne sert pas seulement à déclarer, elle détermine un montant pris en charge.

Secteur 2 : deux sources officielles, deux formulations

Ici, deux sources publiques divergent.

La page de l’Urssaf consacrée aux cotisations d’un médecin de secteur 2 comporte un encadré sans ambiguïté : « En tant que médecin de secteur 2, vous ne bénéficiez pas d’une prise en charge de vos cotisations par la Cpam. »

La page d’ameli.fr sur la protection sociale des PAMC, mise à jour le 6 janvier 2026, écrit de son côté : « vous pouvez bénéficier d’une forme de participation à vos cotisations sociales si vous adhérez à l’Optam », puis ajoute : « Renseignez-vous auprès de votre caisse d’assurance maladie. »

Nous nous arrêtons là. La formulation d’ameli.fr ne précise ni quelles cotisations seraient concernées, ni dans quelle proportion, ni par quel organisme. Posez la question à votre caisse avant d’adhérer, et par écrit. Ce qui est établi : l’Optam existe toujours sous ce nom au 17 mars 2026, et l’adhésion suppose un contrat signé avec la caisse.

L’avis de l’expert

Cette ventilation se fait au démarrage ou ne se fait jamais. Reconstituer douze mois d’honoraires pour en extraire les dépassements demande deux à trois jours et donne un résultat approximatif.

Notre arbitrage : ouvrez dès la première recette trois comptes de produits distincts — conventionné hors dépassements, dépassements, hors convention — et rapprochez-les du relevé SNIR chaque trimestre, pas chaque année. Le rythme trimestriel révèle une dérive de la part non conventionnée, donc une érosion de l’assiette prise en charge, tant que l’organisation du cabinet peut encore être corrigée.

En cabinet de groupe, ajoutez une quatrième distinction : votre quote-part des recettes du groupement, qui sert de base à des calculs opérés associé par associé.

— Figital Expertise, cabinet d’expertise comptable inscrit à l’Ordre, Paris 17e

Côté fiscalité : les déductions que la doctrine réserve au secteur 1

Le BOI-BNC-SECT-40, en vigueur depuis le 28 août 2024, consacre une partie entière aux médecins conventionnés, et sa règle de partage tient en une phrase : les assouplissements accordés « sont uniquement réservés aux médecins conventionnés du secteur I ».

Le champ de ce régime est étroit. La doctrine vise « les médecins omnipraticiens ou généralistes, spécialistes médicaux, chirurgiens, spécialistes chirurgicaux et électro-radiologistes qualifiés conventionnés, à l’exclusion formelle de toute autre catégorie de praticiens, même conventionnés ». Un chirurgien-dentiste ou un auxiliaire médical conventionné n’y a donc pas accès.

La déduction forfaitaire de 2 %

Elle dispense de tenir la comptabilité réelle de sept postes : représentation, réception, prospection, cadeaux professionnels, travaux de recherche, blanchissage et petits déplacements. Le BOFiP restreint ces derniers aux trajets faits dans l’agglomération avec un transport autre que le véhicule professionnel, et au stationnement ; les frais du véhicule restent déductibles selon les règles habituelles.

Il se calcule sur les recettes brutes, honoraires de dépassement compris, plus-values exclues.

La déduction du groupe III et la déduction complémentaire de 3 %

Les médecins conventionnés placés sous déclaration contrôlée bénéficient de la déduction du groupe III et peuvent opérer, sur la même assiette, une déduction complémentaire de 3 %. Le BOFiP précise qu’elles « n’ont pas le caractère de déductions pour frais professionnels » : elles tiennent à l’adhésion à la convention nationale, pas à une dépense engagée.

Le barème du groupe III est publié au BOI-BAREME-000025. Deux observations.

Son montant est plafonné à 3 050 € et le barème n’a pas bougé depuis sa version du 5 août 2015 : l’avantage existe, mais il ne suit pas l’évolution des honoraires.

La seconde a plus de portée. Le BOFiP indique qu’à la suite de la suppression de la majoration prévue au 1° du 7 de l’article 158 du CGI, et à compter de l’imposition des revenus 2023, la condition de non-cumul de ces déductions avec l’absence de majoration est devenue sans objet. Un obstacle historique a donc disparu. Si votre dossier a été paramétré avant 2023, le sujet mérite d’être rouvert.

Le piège du délai, qui coûte tout le reste

Le § 180 du BOI-BNC-SECT-40 réserve ces modalités particulières aux médecins qui ont souscrit dans le délai légal la déclaration prévue à l’article 97 du CGI. Il ajoute que « le simple retard dans la souscription de ladite déclaration entraîne la remise en cause du régime particulier accordé aux praticiens, que la situation ait été régularisée spontanément ou dans les trente jours d’une mise en demeure ».

Un retard de dépôt de la déclaration 2035 ne se solde donc pas par une pénalité seule : il fait tomber, pour l’année concernée, le régime particulier attaché au secteur 1.

L’avis de l’expert

L’option pour la déduction de 2 % n’est pas une case à cocher au moment du dépôt. Le BOFiP la situe « a priori, au 1er janvier de l’année », et fait de l’inscription des frais correspondants à un poste de charges un renoncement. Les deux modes de déduction ne peuvent ni coexister, ni se succéder dans la même année.

Notre arbitrage : décidez avant la première écriture de l’exercice, pas en mai. Comparez, sur les chiffres de l’année précédente, le montant réel des sept postes concernés avec 2 % de vos recettes brutes. Si l’écart est faible, prenez l’abattement : vous gagnez du temps de tenue et de la sécurité en cas de contrôle. Si vos frais de réception et de recherche pèsent, le réel s’impose, pour l’année entière.

Ce qui fait échouer l’option n’est pas l’arbitrage : c’est une écriture de charge passée en février par habitude, qui vaut renoncement pour tout l’exercice. Verrouillez les comptes concernés dès l’ouverture.

— Figital Expertise, cabinet d’expertise comptable inscrit à l’Ordre, Paris 17e

Trois arbitrages à trancher avant de signer votre dossier d’installation

Le calendrier est ici plus contraignant que le contenu. Ameli.fr écrit qu’une fois conventionné en secteur 1, l’accès au secteur 2 ne peut plus être demandé, et qualifie ce choix de « définitif et irrévocable » ; le passage du secteur 2 vers le secteur 1 reste ouvert, mais il est lui aussi présenté comme irréversible, sauf situations particulières. Ces arbitrages se posent donc avant la signature, pas au premier bilan. Pour les démarches elles-mêmes, voir notre article sur les démarches comptables pour s’installer en libéral.

1. Estimez la part de vos honoraires qui restera hors cadre conventionnel. C’est elle qui érode l’assiette prise en charge en secteur 1 et qui subit un traitement Urssaf distinct. Une activité mixte, des vacations ou une part d’expertise changent l’équation.
2. Si le secteur 2 vous est ouvert, tranchez le régime social en même temps que le secteur. L’Urssaf et ameli.fr confirment le choix entre régime PAMC et régime des travailleurs indépendants. Le Conseil national de l’Ordre situe cette option à la première installation : faites confirmer ce point par votre caisse avant de renvoyer votre dossier. L’accès au secteur 2 est lui-même réservé aux primo-installants détenant l’un des titres limitativement énumérés par ameli.fr.
3. Choisissez votre régime d’imposition en connaissance du secteur. Les trois déductions ci-dessus supposent la déclaration contrôlée. En micro-BNC, elles tombent ; en contrepartie, un médecin de secteur I bénéficie d’un allègement de son document journalier des recettes, limité à la part conventionnée. L’arbitrage micro / réel ne se joue donc pas seulement sur un seuil de recettes.

Ce que cet article ne tranche pas

Un cabinet comptable répond des conséquences comptables et sociales du conventionnement, pas de la convention médicale. Quatre points relèvent de votre caisse ou de l’Ordre : les tarifs des actes et le remboursement de vos patients ; le contenu de la convention en vigueur ; le périmètre de la participation évoquée par ameli.fr pour les adhérents à l’Optam ; le régime social d’un médecin exerçant hors convention, pour lequel aucune page officielle dédiée n’a été trouvée.

Un cinquième mérite d’être signalé plutôt que résolu. Le BOI-BNC-SECT-40 mentionne encore l’adhésion à une association agréée, alors que le régime légal de ces organismes est supprimé depuis le 16 février 2025 — sujet traité dans notre article sur l’adhésion à une association de gestion agréée. La doctrine sectorielle n’a pas été actualisée depuis le 28 août 2024. Nous n’en tirons aucune conséquence : faites vérifier le cas si votre dossier en dépend.

Questions fréquentes

Le secteur change-t-il ma catégorie d’imposition ?

Non. Votre activité relève des bénéfices non commerciaux dans tous les cas. Le secteur change l’accès aux modalités particulières de détermination du résultat, que le BOFiP réserve au secteur I sous déclaration contrôlée.

Je suis chirurgien-dentiste conventionné : puis-je appliquer la déduction de 2 % ?

Non. Le BOI-BNC-SECT-40 limite expressément son champ aux médecins omnipraticiens ou généralistes, spécialistes médicaux, chirurgiens, spécialistes chirurgicaux et électro-radiologistes qualifiés conventionnés, « à l’exclusion formelle de toute autre catégorie de praticiens, même conventionnés ».

En secteur 2, ai-je intérêt à choisir le régime PAMC ou le régime des travailleurs indépendants ?

Aucune source officielle ne publie de comparaison chiffrée, et nous n’en fabriquons pas. L’Urssaf donne cependant le sens de l’arbitrage pour une profession voisine : le régime conventionné devient avantageux quand la part des actes figurant au relevé SNIR est importante, et l’inverse quand elle est faible. Ses simulateurs permettent de chiffrer votre cas.

L’Optam existe-t-il toujours en 2026 ?

Oui. Le dispositif figure sur la page ameli.fr consacrée au conventionnement, mise à jour le 17 mars 2026, avec une déclinaison réservée aux activités chirurgicales et obstétricales. L’adhésion suppose un contrat signé avec votre caisse et un engagement sur un taux de dépassement et un taux d’activité à tarifs opposables.

Puis-je changer de secteur si mon activité évolue ?

Dans un sens seulement. Ameli.fr ouvre le passage du secteur 2 vers le secteur 1, tout en le présentant comme irréversible sauf situations particulières. En revanche, une fois conventionné en secteur 1, l’accès au secteur 2 est fermé, y compris si vous détenez les titres qui y donnaient droit.

Que se passe-t-il si je dépose ma déclaration 2035 en retard ?

Au-delà des conséquences habituelles d’un dépôt tardif, un médecin de secteur 1 perd le régime particulier pour l’année concernée. Le BOFiP précise que le simple retard suffit, que la régularisation soit spontanée ou intervienne dans les trente jours d’une mise en demeure.

Un médecin remplaçant est-il concerné par le choix de secteur ?

Il exerce dans un cadre conventionné sans l’être lui-même : l’Urssaf indique que le remplaçant adopte le cadre conventionnel du praticien remplacé et que ses honoraires lui sont rétrocédés directement, sans intervention de l’assurance maladie. Les conséquences comptables sont celles de la rétrocession.

Préparer la décision plutôt que la subir

Avant de signer, estimez la répartition de vos futures recettes entre activité conventionnée, dépassements et hors convention, puis mesurez ce que le secteur 1 vous apporterait et ce que le secteur 2 vous coûterait en déductions fermées.

Si vous êtes déjà installé, l’échéance utile est le 1er janvier prochain : c’est là que se décide l’option pour la déduction de 2 %, et le moment où le plan comptable peut encore être réorganisé pour l’exercice entier.

Nous pouvons chiffrer les déductions ouvertes et vérifier que votre tenue justifie l’assiette retenue par votre caisse.

Sources officielles consultées

Informations vérifiées le 8 octobre 2026.

• ameli.fr, « Le conventionnement avec l’Assurance Maladie », espace Médecin, mise à jour du 17 mars 2026.
• ameli.fr, « La protection sociale pour les PAMC », espace Médecin, mise à jour du 6 janvier 2026.
• Urssaf, « Les cotisations d’un médecin de secteur 1 » et « Les cotisations d’un médecin de secteur 2 ».
• Urssaf, « Devenir praticien ou auxiliaire médical », mise à jour du 4 février 2025.
• Urssaf, « Réforme de l’assiette sociale et du barème des cotisations sociales », mise à jour du 7 mai 2026.
• Conseil national de l’Ordre des médecins, « Les secteurs d’exercice », mise à jour du 17 janvier 2025.
• BOFiP-Impôts, BOI-BNC-SECT-40, « BNC – Régimes sectoriels – Médecins conventionnés », version en vigueur du 28 août 2024.
• BOFiP-Impôts, BOI-BAREME-000025, barème de la déduction du groupe III, version en vigueur du 5 août 2015.

Cet article décrit l’état des règles comptables et sociales à sa date de vérification. Il ne remplace ni l’examen de votre dossier, ni les informations que seule votre caisse peut vous donner sur votre situation conventionnelle.