Facturation électronique : que doivent préparer les professions libérales dès septembre 2026 ?

Contenu vérifié le 24 août 2026.

Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises doivent pouvoir recevoir les factures électroniques de leurs fournisseurs tenus de les émettre. Cette obligation concerne aussi les indépendants, micro-entrepreneurs et professions libérales. La date d’émission dépend cependant de la taille de l’entreprise ; le traitement de chaque recette dépend du client et du régime de TVA applicable.

La préparation consiste à cartographier les flux, distinguer réception, émission et e-reporting, choisir une plateforme agréée, puis tester le circuit avec le logiciel métier et la comptabilité. Dans un cabinet médical ou paramédical, des soins exonérés peuvent coexister avec des recettes taxables : chaque opération doit être qualifiée séparément.

Quelles dates s’appliquent à une profession libérale ?

Le calendrier officiel sépare la réception, commune à toutes les tailles d’entreprise, et l’émission, déployée en deux étapes. L’e-reporting suit le même calendrier que l’émission : la FAQ de la DGFiP l’énonce sans réserve.

Obligation	Entreprises concernées	Date d’entrée en vigueur
Recevoir les factures électroniques	Toutes les entreprises, quelle que soit leur taille	1er septembre 2026
Émettre des factures électroniques	Grandes entreprises et entreprises de taille intermédiaire	1er septembre 2026
Transmettre les données relevant du e-reporting	Grandes entreprises et entreprises de taille intermédiaire	1er septembre 2026
Émettre des factures électroniques	PME et micro-entreprises	1er septembre 2027
Transmettre les données relevant du e-reporting	PME et micro-entreprises	1er septembre 2027

Un cabinet libéral de petite taille n’a donc pas jusqu’en 2027 pour tout préparer. Il peut attendre cette date pour son obligation d’émission s’il relève bien de la catégorie PME ou micro-entreprise, mais il doit être prêt à recevoir dès septembre 2026. Ses fournisseurs d’énergie, de télécommunications, de matériel ou de logiciels pourront lui adresser des factures par ce nouveau circuit.

La catégorie de taille ne doit pas être déduite du seul nombre d’associés ou de praticiens. La DGFiP précise les critères applicables et propose un parcours permettant de tester la situation selon la taille, la clientèle, l’activité et le régime de TVA. Une structure proche d’un seuil, appartenant à un groupe ou issue d’une réorganisation doit faire confirmer sa date d’émission au lieu de supposer qu’elle est automatiquement une PME.

Comment déterminer si un flux relève de l’e-invoicing ou du e-reporting ?

La bonne unité d’analyse est le flux facturé, pas l’intitulé du métier. Pour chaque type de recette, notez le client, son lieu d’établissement, son statut professionnel ou particulier, la nature de l’opération, le régime de TVA et le mode actuel de facturation.

Facture électronique entre entreprises établies en France

La facturation électronique, ou e-invoicing, vise les achats et ventes de biens ou prestations de services entre entreprises établies en France, assujetties à la TVA, lorsque l’opération entre dans le champ. La facture structurée circule par l’intermédiaire d’une plateforme agréée. Celle-ci transmet également à l’administration certaines données extraites de la facture.

Le fait d’être en franchise en base ne place pas automatiquement l’entreprise hors du dispositif. La DGFiP indique expressément que les entreprises bénéficiant de la franchise en base et les micro-entrepreneurs sont concernés. Une facture sans TVA peut donc rester dans le champ ; il faut identifier la raison juridique de l’absence de TVA.

Clients particuliers ou entreprises étrangères

Les opérations avec des personnes non assujetties, notamment des particuliers, ainsi que certaines transactions avec des entreprises étrangères ne circulent pas nécessairement comme des factures électroniques B2B domestiques. Elles peuvent relever du e-reporting de transaction. La plateforme transmet alors les données prévues à l’administration selon le calendrier et les fréquences applicables.

Pour certaines prestations de services dont la TVA est exigible à l’encaissement, des données de paiement peuvent également devoir être transmises. La qualification dépend notamment de l’option éventuelle pour les débits et du traitement de l’opération. Le logiciel de facturation doit donc distinguer date de facture, date d’encaissement, nature du client et régime de TVA.

Opérations exonérées de TVA

La documentation de la DGFiP place hors du champ de l’émission électronique et du e-reporting les opérations exonérées de TVA qu’elle désigne, avant la recodification reportée au 1er janvier 2027, par les articles 261 à 261 E du CGI et qui sont dispensées de facturation. Cette exclusion porte sur l’opération ; elle ne dispense pas l’entreprise de recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs lorsque celles-ci sont dans le champ.

La TVA est recodifiée dans le Code des impositions sur les biens et services à compter du 1er janvier 2027 : l’ordonnance n° 2026-671 du 27 juillet 2026 a reporté ce transfert, initialement prévu au 1er septembre 2026, précisément pour qu’il ne coïncide pas avec la facturation électronique. Cette opération a été annoncée sans changement des règles de fond. Les anciennes références restent donc utiles pour retrouver la doctrine, mais un document ou paramétrage postérieur doit employer ou contrôler la référence codifiée alors applicable.

Cette distinction est décisive. Une mention « TVA non applicable » ne suffit pas pour conclure : elle peut correspondre à une franchise en base, à une exonération, à une règle de territorialité ou à un autre mécanisme. Le traitement doit être documenté recette par recette.

Que change l’exonération de TVA des soins pour la facturation électronique ?

Pour un professionnel de santé, l’exonération de TVA ne se décide pas au niveau du cabinet, mais opération par opération. Selon la DGFiP, les opérations exonérées au sens des articles 261 à 261 E du Code général des impôts ne relèvent, en émission, ni de la facturation électronique ni de la transmission électronique d’informations à l’administration. Cette exclusion n’efface pas l’obligation de recevoir les factures électroniques des fournisseurs. Les recettes autres que les soins doivent être qualifiées séparément.

La question utile n’est pas « le praticien facture-t-il de la TVA ? », mais « quel est le fondement de TVA de cette opération ? ». Une facture sans TVA peut relever de la franchise en base, alors que la DGFiP confirme que le franchisé reste concerné par la réforme. À l’inverse, une opération exonérée au sens des articles 261 à 261 E est hors émission et hors e-reporting. Le même professionnel peut donc appliquer des circuits différents à ses soins et à ses autres recettes.

Qualifier l’acte avant de paramétrer le flux

Le BOFiP réserve l’exonération des soins à des prestations qui concourent au diagnostic ou au traitement des maladies humaines et qui sont dispensées par les professionnels entrant dans le champ du texte. Pour les actes concernés, la finalité thérapeutique consiste à prévenir, diagnostiquer, soigner ou, dans la mesure du possible, guérir une maladie ou une anomalie de santé.

Le titre professionnel ne suffit donc pas à exonérer toutes les sommes encaissées. La doctrine cite notamment les locations de locaux aménagés, certaines ventes sans lien direct avec un soin, les expertises médicales et le conseil fourni à des entreprises parmi les opérations qui ne bénéficient pas automatiquement de l’exonération des soins. Leur régime exact doit être contrôlé avant d’en déduire les conséquences pour la facturation électronique ou l’e-reporting.

Une cartographie fiable décrit la prestation réelle, son client, le justificatif et le fondement de TVA. Le libellé « honoraires », un compte comptable générique ou la seule mention « TVA non applicable » ne suffisent pas. Toute ligne non confirmée reste « à qualifier » ; elle ne doit pas hériter par défaut du traitement des consultations.

Utiliser une matrice qui sépare soins, activités accessoires et achats

Flux observé	Question de TVA à documenter	Conséquence pour la réforme	Preuve à conserver
Soin à la personne	Le professionnel et l’acte remplissent-ils les conditions de l’exonération ?	Si oui, opération hors émission électronique et hors e-reporting selon la DGFiP	Nature de l’acte, qualité du praticien et justificatif du soin
Expertise, conseil ou autre prestation distincte	La prestation poursuit-elle une finalité thérapeutique et relève-t-elle réellement de l’exonération des soins ?	Ne pas reprendre le traitement des consultations ; qualifier le client et l’opération	Contrat, commande, facture et analyse de TVA
Vente ou mise à disposition	Le bien ou le moyen constitue-t-il le prolongement direct d’un soin, ou une opération autonome ?	Analyser séparément l’émission ou l’e-reporting applicable	Désignation précise, bénéficiaire et contrat
Facture d’un fournisseur français	L’achat reçu entre-t-il dans le champ de la facturation électronique du fournisseur ?	Préparer la réception, même si les recettes du cabinet sont toutes exonérées	Identité de l’établissement, facture reçue et statut de traitement

La matrice ne rend pas un avis fiscal automatique. Elle empêche surtout quatre confusions : profession et opération, absence de TVA et exonération, émission et réception, soin et activité accessoire. Elle doit comporter une ligne par famille de flux, sans catégorie « divers » qui masquerait un nouveau type de recette.

Préparer la réception fournisseurs comme un processus autonome

Un cabinet qui n’émet que des opérations exonérées reste acheteur professionnel. La DGFiP précise qu’il doit pouvoir recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs lorsqu’elles entrent dans le champ. Cette réception mérite donc son propre processus, indépendant de la qualification des honoraires de soins.

Commencez par rapprocher les fournisseurs de l’entité qui achète réellement : cabinet individuel, société d’exercice, société civile de moyens ou autre structure. Vérifiez l’identité et l’établissement destinataires, puis attribuez quatre responsabilités : surveiller l’arrivée d’une facture, valider la dépense, traiter une anomalie et transmettre la pièce en comptabilité. Un achat libellé au nom d’une structure ne doit pas être routé vers le dossier personnel d’un praticien.

Le test porte sur le parcours complet d’une facture d’achat : bonne entité, pièce retrouvable, responsable identifié, erreur traitable et transmission comptable tracée. Il n’est pas nécessaire d’y mêler des données de patients. Ce contrôle peut être réalisé même si toutes les recettes émises sont encore classées comme soins exonérés.

Traiter une activité mixte sans règle globale

Prenons un cas fictif. Un médecin perçoit des honoraires de consultations à finalité thérapeutique, réalise ponctuellement des expertises pour un assureur et met un local aménagé à disposition d’un confrère. Les consultations peuvent relever de l’exonération des soins si ses conditions sont remplies. Le BOFiP indique en revanche que les expertises dont la finalité principale est de fournir à un tiers un avis produisant des effets juridiques ne bénéficient pas de cette exonération ; la location ne doit pas davantage être confondue avec un soin.

La conclusion n’est pas que toutes les recettes accessoires suivent un régime unique. Elle est que chacune reçoit sa ligne, son client, sa pièce, son fondement de TVA et sa conséquence dans la réforme. Si un même contrat rémunère plusieurs éléments, les contreparties sont distinguées avant le paramétrage. L’analyse porte sur les opérations réelles, pas sur le pourcentage global de recettes de santé.

Pour le suivi comptable, une table de correspondance peut relier chaque famille de recettes au justificatif utilisé et au compte approprié. Une revue périodique repère ensuite les nouvelles prestations et les libellés inhabituels. Cette méthode complète le guide sur la TVA et les erreurs courantes sans créer une seconde page concurrente sur la réforme.

Contrôles à réaliser sur la section santé

• Recenser les soins, expertises, conseils, ventes, mises à disposition et autres recettes réellement observées.
• Documenter la finalité du soin et la qualité professionnelle lorsque l’exonération en dépend.
• Distinguer la franchise en base d’une exonération fondée sur les articles 261 à 261 E.
• Conserver une ligne « à qualifier » pour tout flux dont le fondement n’est pas confirmé.
• Organiser la réception fournisseurs pour chaque entité acheteuse, même sans émission électronique.
• Revoir la matrice à chaque nouvelle prestation, nouveau contrat ou changement de structure.

Références officielles de la section

• DGFiP — Je n’émets pas de facture, ou je facture sans TVA : suis-je concerné par la réforme ?, page modifiée le 16 janvier 2026, contrôlée le 24 août 2026.
• BOFiP — TVA applicable aux professions médicales et paramédicales, publication du 9 avril 2025, contrôlée le 24 août 2026.

Pourquoi la réception doit-elle être prête, et que vérifier maintenant ?

Recevoir une facture électronique ne signifie pas seulement disposer d’une adresse e-mail. Une facture conforme doit arriver par une plateforme agréée, être rattachée au bon destinataire et pouvoir être rapprochée de l’achat, du paiement et de la comptabilité. Une boîte mail partagée ne remplit pas, à elle seule, ce rôle.

L’obligation de réception s’applique depuis le 1er septembre 2026. Si ce n’est pas déjà fait, vérifiez :

1. le SIREN et les établissements utilisés pour recevoir les achats ; 2. la personne habilitée à choisir ou valider la plateforme ; 3. les droits d’accès des associés, collaborateurs et du cabinet comptable ; 4. le circuit d’approbation d’une facture avant paiement ; 5. l’export ou la synchronisation vers la comptabilité ; 6. le traitement des rejets, doublons, avoirs et erreurs de destinataire ; 7. la conservation des pièces et de leur piste de traitement ; 8. la procédure en cas de départ d’un collaborateur ou de changement de prestataire.

Dans une structure partagée, ne créez pas un seul accès utilisé par tous. Distinguez les droits de consultation, de validation, de paiement et d’administration. L’objectif est de savoir qui a reçu, vérifié, imputé et approuvé chaque pièce.

Une facture PDF envoyée par e-mail est-elle encore suffisante ?

Non pour une opération qui entre dans le champ de l’obligation. La DGFiP précise qu’une facture électronique doit respecter un format structuré ou mixte prévu, contenir les données obligatoires dans des champs dédiés et être transmise par une plateforme agréée. Un document papier scanné ou un PDF ordinaire envoyé par e-mail ne devient pas conforme par le seul fait d’être numérique.

Cela ne signifie pas que tous les PDF disparaissent de l’organisation du cabinet. Ils peuvent rester utiles comme représentation lisible ou pièce associée selon la solution retenue. Mais le circuit réglementaire repose sur les données structurées et la transmission via la plateforme.

Vérifiez donc avec l’éditeur du logiciel métier :

• s’il sera lui-même plateforme agréée ou connecté à l’une d’elles ;
• quels formats il pourra émettre et recevoir ;
• comment il récupérera les statuts de traitement ;
• comment seront gérés les avoirs et corrections ;
• quelles données seront exportées vers la comptabilité ;
• ce qui se passe lors d’un changement d’éditeur.

Comment choisir une plateforme agréée sans se tromper ?

La liste officielle publiée par la DGFiP est le point de départ. Une « solution compatible » peut continuer à fournir des fonctions utiles, mais elle n’a pas, en l’absence d’immatriculation, l’autorisation d’assurer seule toutes les transmissions réglementaires. Demandez donc à l’éditeur quel opérateur agréé réalise effectivement l’émission, la réception et les transmissions à l’administration.

Comparez les offres à partir de vos flux réels :

Critère	Questions à poser
Périmètre	La solution couvre-t-elle réception, émission, e-reporting et données de paiement applicables ?
Interopérabilité	Comment échange-t-elle avec le logiciel métier, la banque et la comptabilité ?
Données	Quelles données sont importées, contrôlées, exportées et conservées ?
Statuts	Comment suivre une facture déposée, reçue, rejetée, refusée ou encaissée ?
Accès	Peut-on attribuer des droits distincts et tracer les validations ?
Réversibilité	Comment récupérer factures, données et historique en cas de changement ?
Assistance	Qui traite un rejet ou une erreur de routage, et dans quel délai ?
Prix	Quels flux, utilisateurs, établissements et services déclenchent un coût ?

Ne choisissez pas sur le seul prix mensuel ou sur une démonstration générique. Un outil économique peut devenir coûteux si les exports, établissements, utilisateurs ou volumes utiles sont facturés séparément. Inversement, une solution complète n’a pas d’intérêt si elle double les fonctions déjà présentes dans le logiciel métier.

Quelles données faut-il nettoyer avant la bascule ?

Une plateforme ne corrige pas automatiquement une base tiers incohérente. Commencez par vérifier l’identité légale et le SIREN de la structure, les établissements, les coordonnées de facturation, les clients professionnels, les fournisseurs et les règles de TVA du logiciel.

Pour chaque modèle de facture, contrôlez les mentions, la numérotation, la date d’émission, la nature des lignes, les taux, l’option éventuelle pour les débits, les conditions de paiement et les références nécessaires au rapprochement. Pour les recettes réglées au comptant ou regroupées, documentez la source du total et son lien avec les encaissements.

Le travail doit rester proportionné. Une profession libérale avec peu de factures B2B peut avoir un circuit simple, mais elle doit tout de même recevoir correctement ses factures fournisseurs. Une structure multisite, une SEL avec plusieurs activités ou un cabinet ayant beaucoup de clients professionnels aura besoin de règles plus détaillées. Notre page sur l’accompagnement comptable des professions libérales présente les points à articuler avec la tenue et la révision.

Quel plan de mise en conformité suivre maintenant que l’obligation s’applique ?

Étape 1 — cartographier les flux

Listez les factures reçues et émises sur une période représentative. Séparez B2B France, particuliers, international, opérations exonérées et opérations taxables. Ajoutez les encaissements de prestations de services lorsque des données de paiement peuvent être nécessaires.

Étape 2 — qualifier les cas ambigus

Faites vérifier les lignes dont le traitement dépend d’une exonération, de la territorialité, de la qualité du client ou d’une activité accessoire. Conservez le fondement et la décision dans une fiche de paramétrage ; un code TVA sans explication n’est pas une preuve suffisante.

Étape 3 — choisir le circuit technique

Interrogez d’abord le logiciel métier et le cabinet comptable. Puis comparez les plateformes figurant sur la liste officielle. Définissez l’outil maître pour les clients, les articles, les taux, les factures et les statuts afin d’éviter des mises à jour contradictoires.

Étape 4 — tester de bout en bout

Testez une facture reçue, une facture émise, un avoir et un rejet. Vérifiez le résultat dans le logiciel métier, la plateforme et la comptabilité. Le test est réussi seulement si la pièce, les données et le statut restent cohérents aux trois endroits.

Étape 5 — documenter les responsabilités

Écrivez qui crée, valide, transmet, rapproche et corrige. Prévoyez un remplaçant et une procédure d’escalade. Une courte procédure utilisée vaut mieux qu’un manuel qui ne correspond pas au fonctionnement réel.

Étape 6 — organiser la première clôture

Après le démarrage, rapprochez les factures reçues, les factures émises, les statuts, les règlements et les écritures. Analysez les écarts et corrigez le paramétrage avant qu’ils se répètent. Pour les cabinets de santé, ajoutez un contrôle spécifique des recettes exonérées et taxables ; notre guide dédié aux professions de santé peut servir de point d’entrée.

Quelles erreurs faut-il éviter ?

La première erreur consiste à attendre 2027 au motif que l’activité est petite. La réception devient obligatoire dès septembre 2026 pour toutes les tailles. La deuxième est de confondre facture numérique et facture électronique : un PDF joint à un e-mail ne répond pas au nouveau circuit lorsqu’il est obligatoire.

La troisième erreur est fiscale : assimiler franchise en base et exonération. La DGFiP indique qu’un franchisé en base reste concerné, tandis que certaines opérations exonérées sont hors émission et hors e-reporting. La quatrième est organisationnelle : choisir une plateforme avant de connaître les flux et les logiciels qui devront s’y connecter.

Enfin, ne laissez pas la configuration à une seule personne sans documentation. Un départ, une absence ou un changement de prestataire peut bloquer la réception ou rendre les statuts incompréhensibles. Conservez les décisions, les droits d’accès, les tests et la procédure de reprise.

Questions fréquentes

Une micro-entreprise libérale doit-elle choisir une plateforme dès 2026 ?

Elle doit pouvoir recevoir des factures électroniques dès le 1er septembre 2026. Son obligation d’émission intervient en principe le 1er septembre 2027. En pratique, il faut donc organiser la réception en 2026 et vérifier comment le logiciel ou la plateforme préparera l’émission future.

Un médecin qui ne facture que des soins exonérés est-il concerné ?

Ses opérations exonérées relevant du champ précisé par la DGFiP peuvent être hors émission et hors e-reporting. Mais le médecin reste concerné comme acheteur professionnel : il doit pouvoir recevoir les factures électroniques de ses fournisseurs. Toute recette accessoire doit être qualifiée séparément.

Une facture sans TVA est-elle automatiquement hors réforme ?

Non. Une facture peut être sans TVA en raison de la franchise en base, alors que l’entreprise reste concernée. L’exclusion documentée par la DGFiP vise certaines opérations exonérées. Il faut identifier le fondement exact de l’absence de TVA.

Peut-on conserver son logiciel de facturation actuel ?

Oui s’il reste adapté, mais il faut savoir comment il se connectera au circuit réglementaire. Demandez à l’éditeur s’il est plateforme agréée, s’il travaille avec une plateforme agréée et comment les données, statuts et corrections seront synchronisés.

Faut-il encore déposer les déclarations de TVA ?

La réforme ne dispense pas, à elle seule, des déclarations de TVA actuelles. La DGFiP présente le pré-remplissage comme un objectif futur. Continuez à appliquer les obligations déclaratives en vigueur et rapprochez les données transmises avec la comptabilité.

Comment FIGITAL peut-il accompagner la préparation ?

L’accompagnement peut couvrir la cartographie des flux, la qualification comptable et fiscale à confirmer, la coordination avec le logiciel et la plateforme, puis le contrôle des premiers cycles. Pour cadrer le périmètre correspondant à votre activité, demandez un devis à FIGITAL.

Sources officielles consultées

• À partir de quand suis-je concerné par la réforme ? — DGFiP, page modifiée le 16 janvier 2026, consultée le 24 août 2026.
• Je découvre la facturation électronique — DGFiP, consulté le 24 août 2026.
• Je n’émets pas de facture ou je facture sans TVA : suis-je concerné ? — réponse DGFiP actualisée le 16 janvier 2026 ; contrôle effectué le 24 août 2026.
• J’approfondis mes connaissances sur la réforme — DGFiP, consulté le 24 août 2026.
• Facturation électronique et plateformes agréées — DGFiP, consulté le 24 août 2026.
• Liste des plateformes agréées — DGFiP, page modifiée le 19 août 2026, consultée le 24 août 2026.
• Ordonnance de recodification de la TVA dans le CIBS — Légifrance, 20 décembre 2025, consultée le 24 août 2026.
• Déclarations de TVA après la réforme — DGFiP, page modifiée le 16 janvier 2026, consultée le 24 août 2026.